Sarana utama untuk kegiatan perkuliahan adalah ruang kelas. Setiap program studi sudah diberi data ruang kelas sesuai dengan jumlah mahasiswa, walaupun masih ada ruang kelas yang digunakan secara bersama baik dalam fakultas maupun antar fakultas.
Ada beberapa jenis ruang kuliah yaitu : ruang kelas biasa, ruang kelas multimedia maupun ruang kelas multimedia yang eksklusif. Fasilitas yang tersedia dalam ruang kelas multimedia adalah perangkat computer, LCD Projector dan peralatan audio. Beberapa ruang kelas multimedia sudah terkoneksi internet baik melalui kabel maupun akses hotspot.
Ruang Kuliah Fakultas Kedokteran Gigi juga dilengkapi ruang kuliah tutorial. Ruang kuliah tutorial ini digunakan oleh mahasiswa kedokteran Unimus untuk mengikuti perkuliah tutorial yang biasanya dilakukan secara berkelompok.
Ruang perkuliahan tidak hanya terdapat pada gedung-gedung perkuliahan, namun juga terdapat pula di laboratorium kampus. Adanya fasilitas hotspot memudahkan proses pembelajaran melalui e-learning sehingga perkuliahan tidak selamanya dilakukan di ruang-ruang kelas.